Сформирован в 1921 г. с момента основания музея.
Включает 2 подотдела: учета и хранения фондов.
Подотдел учета осуществляет учет всех ценностей, хранящихся в НГА, контролирует перемещение музейных предметов за стенами и в самом музее, организует работы по экспертизе и подтверждению музейных предметов из ценных металлов. Контролирует порядок копирования в музее. Осуществляет запись фондов, инвентаризацию.
В подотделе работает 4 сотрудника.
Заведующая подотделом: Нуне Аветисян
Подотдел хранения осуществляет размещение, картографию, хранение музейных предметов , находящихся в фондохранилищах.
В подотделе работает 16 хранителей фондов, которые осуществляют работы связанные с хранением по виду музейных ценностей – живопись, рисунок, гравюра, а также разные подвиды декоративно-прикладного искусства (ткачество, стекло, керамика, ценный металл итд ),.
Заведующая подотделом: Гаянэ Маргарян